Program Studi Pendidikan Agama Islam UMSU, merupakan program studi yang telah terakreditasi “UNGGUL”. Prodi PAI UMSU  hadir dengan tujuan, diantaranya: 1) Menghasilkan sarjana Pendidikan Agama Islam yang profesional dengan menerapkan prinsip-prinsip AIK dan berwawasan Iptek; 2) Menghasilkan sarjana pendidikan yang mampu mengelola lembaga pendidikan, khususnya lembaga pendidikan Islam, baik formal maupun non-formal; 3) Menghasilkan penelitian dan karya ilmiah dibidang Pendidikan Agama Islam dan bertaraf nasional dan internasional untuk pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi; 4) Menghasilkan karya-karya ilmiah dibidang Pendidikan Agama Islam sebagai bentuk kepedulian dan layanan keagamaan kepada masyarakat secara umum, serta dunia pendidikan Islam secara khusus; 5) Mewujudkan jaringan kerjasama regional dan nasional yang berkesinambungan di bidang Pendidikan Agama Islam; 6) Terintegrasikan nilai-nilai Al-Islam Kemuhammadiyahan dalam setiap kegiatan akademik baik dalam kegiatan pendidikan dan pengajaran serta dalam kegiatan yang terkait.